阿尔金山北对库木塔格沙漠，南靠柴达木盆地，位于西北荒漠，属青藏 高原寒带气候区域。
虽在暖温带的纬度之内，但因地处高原山地，海拔平均三千米以上，海拔高度对气温的影响已超过纬度位置作用。其特点是干旱少雨，四季温差大。冬季漫长酷寒，夏季短暂，多风、干燥。一般9月中旬开始飞雪结冰，冰雪期长达9个月。山下戈壁年平均气温3.5℃，1月平均最高气温-9.2℃，6月平均最低气温-10.8℃，7月平均最高气温16.7℃。年平均降水量为110.0mm，但分布很不均衡，海拔4000米左右的山地年降水200mm至250mm，海拔2900米左右的苏干湖年降水不足50mm。
