内蒙古自治区最好大学排名前五位的高校依次为内蒙古大学、内蒙古农业大学、内蒙古师范大学、内蒙古科技大学、内蒙古工业大学。其中内蒙古大学、内蒙古农业大学、内蒙古师范大学居内蒙古自治区高校前三名。
内蒙古大学
内蒙古大学，位于呼和浩特市，是内蒙古自治区唯一的一所原211工程大学，2017年入选“双一流大学”世界一流学科建设高校，是国家中西部“一省一校”重点建设高校。在教育部第四轮的学科评估中，内蒙古大学的民族学、中国语言文学、生物学、生态学4个学科获得B，数学、物理学、马克思主义理论、化学、计算机科学与技术5个学科获得B-，另外还有法学、应用经济学、软件工程等6个学科为上榜学科。虽然相对同等级的原211工程大学相比，学科实力并不是很强，但就内蒙古自治区的高校而言，内蒙古大学的实力与地位是毋庸置疑的。
内蒙古农业大学
排在第二位的高校为内蒙古农业大学，内蒙古农业大学，是国家林业局和内蒙古自治区共建高校，由中国农业大学对口支援，是内蒙古自治区成立最早的本科高等院校，也是新中国在少数民族地区建立的第一所农林类高等院校。在教育部第四轮的学科评估中，内蒙古自治区的草学获得B+，是内蒙古农业大学评分最高的大学专业，堪称内蒙古农业大学的王牌专业，食品科学与工程、畜牧学两个专业获得B，另外还有农业工程、兽医学、水利工程等8个专业为上榜学。
此外，内蒙古师范大学、内蒙古科技大学、内蒙古工业大学，作为内蒙古自治区的重点大学，是自治区各特色型高校的典型代表，居内蒙古自治区高校综合实力前列，深受考生和家长的喜爱。
