拥有者的不同
七宝妙树：它是准提道人所拥有的宝物，而准提道人是西方二教主之一，根据自己的本体结合金、银、琉璃、玻、砗磲、赤珠、玛瑙等七种宝物炼成的，在天地之前就已经出生的宝物，比盘古开天地还要早，属于封神演义中的物品。
五色神光：拥有者是孔宣，传闻是有孔宣的无支本名羽毛演化而成的，孔宣则是殷商元帅，曾与姜子牙有过大战。无色圣光由青、黄、赤、黑、白五种颜色，也是无物不刷，代表的是木、土、火、水、金五行，宝物的地位也是非常古老的。
2、发挥的作用的不同
我们知道孔宣虽然厉害，但他始终是属于反派人物，而准提道人就不同了，他可以算是正派的代表，曾多次帮助阐教化解为难，而且还经常到东土度化有缘的人，所谓邪不压正，所以七宝妙树发挥的作用要比五色神光要有用得多，这就是七宝妙树和五色神光的区别之一。
