食用菌的孢子就相当于植物的种子。在自然界中，食用菌就是靠孢子来繁殖后代的。孢子借助风力或某些小昆虫、小动物传播到各地，在适宜的条件下，萌发成菌丝体，进而形成子实体。虽然孢子是食用菌的种子，但在人工栽培时，人们至今都不用孢子直接播种。因为孢子微小，很难在生产中直接应用，而是用孢子或子实体组织、菌丝组织体萌发而成的纯菌丝体作为播种材料。人们通常所说的菌种，实际上就是指经过人工培养的纯菌丝体。
根据菌种使用的目的可分为保藏用菌种、试验用菌种、生产用菌种三个类型；根据菌种的物理性状，可把菌种分为液体菌种、固体菌种、固化菌种三种；按照食用菌培养对象和培养料的不同，可将菌种分为木质菌种、和草质菌种两类；按照食用菌培养基的不同，可将食用菌分为粪草菌种、谷粒菌种、颗粒菌种、枝条菌种、木块菌种、木屑菌种、矿石菌种等；在实际生产中，应用最广泛的是根据菌种的来源、繁殖代数及生产目的，把菌种分为母种、原种和栽培种。
