开始于公元2007年（危机纪年元年）：
叶文洁在杨冬的墓前引导罗辑研究宇宙社会学。智子一度中断了同地球三体组织（ETO）的联系
公元2009年（危机纪年第3年）：
驱逐舰长吴岳和政委章北海和被调入新组建的中国太空军，常伟思任该军总司令员。智子恢复了同ETO残余成员的联系，要求后者破坏面壁计划和人类逃亡计划。行星防御理事会发起特别联合国大会，宣布逃亡主义为非法。章北海在太空军工作会议上提出失败主义是太空军面临的最大威险。吴岳脱离太空军。
罗辑的女友因车祸身亡，罗辑被大史秘密护送至联合国总部。联合国秘书长萨伊宣布面壁计划启动。罗辑成为第四位面壁人，在踏出联合国总部后立即遇刺，但幸免于难。ETO死灰复燃，针对每个面壁人分别指定了破壁人。
罗辑开始隐居生活。大史为罗辑找到了后者的梦中情人庄颜，然后为治疗白血病开始冬眠。哈勃二号太空望远镜发现三体舰队的尾迹，证实了三体侵略的真实性。
公元2014年（危机纪年第8年）：
第一破壁人破壁成功，第一面壁人泰勒自杀身亡。第二、第三面壁者为等待未来技术开始冬眠庄颜带着孩子离开罗辑，开始冬眠。萨伊告诉罗辑他是三体世界唯一曾下令暗杀的人类，并因此被选为面壁人。章北海和丁仪自一次见面。
罗辑从叶文洁的话中参悟黑暗森林法则，并试图通过对187J3X1恒星的实验证实他的理论。“水滴”脱离三体舰队，开始加速。ETO再次得到暗杀罗辑的命令。罗辑遭到基因导弹攻击，被迫冬眠。罗辑的实验照常实施。
公元2018年（危机纪年第12年）：
章北海与丁仪第二次见面，讨论太空船驱动技术。章北海设计 暗杀阻碍恒星际远航技术发展的三位太空军高层将领。三体世界发现这一情况，但决定置之不理。章北海为增援未来而冬眠，常伟思为他送行。
公元2026年（危机纪年第20年）：
第二面壁者雷迪亚兹和第三面壁者希恩斯苏醒，后者发明“思想钢印”，并在部分太空军成员身上实施，随后与妻子山杉惠子一起进入冬眠。第二破壁人破壁成功，雷迪亚兹逃回祖国，被愤怒的同胞用石头砸死。
公元2032年（危机纪年第26年）：
常伟思去世。
公元2052年（危机纪年第46年）：
吴岳去世。
公元2160年（危机纪年第154年）：
187J3X1恒星遭到黑暗森林打击。
公元2211年（危机纪年第205年）：
史强苏醒，2个月后罗辑苏醒。在面壁计划最后一次听证会上，面壁计划被终止。希恩斯和罗辑失去面壁人的身份。第三破壁人山杉惠子在会后破壁成功。罗辑遭到一个世纪前潜伏下来的电脑网络病毒袭击，史强在一天之内救了罗辑6次。
章北海苏醒，被任命为“自然选择号”宇宙飞船的执行舰长，负责监督舰长东方延绪的行动。在取得了“自然选择号”的控制权后，章北海立即命令飞船向太阳系外逃逸。6艘飞船随即展开追击。
人类联合舰队的2千余艘战舰全部出动拦截“水滴”。无人驾驶的捕捉器在太空中捕获“水滴”，丁仪前往做零距离接触，在最后关头发出“快跑”的警告。水滴向地球联合舰队展开攻击，除“量子号”和“青铜时代号”逃遁外，人类舰队全灭。“自然选择号”及其他四艘追击战舰宣布接受章北海的指挥，“战舰地球”成立。一个月后，战舰地球中的战舰互相发起攻击，“蓝色空间号”成为最后的幸存者。同时，太阳系另一侧的“青铜时代号”对“量子号”发动攻击，消灭了后者的所有有生力量。
“水滴”封死太阳的电波。罗辑恢复面壁人的身份，向史强讲解黑暗森林法则。罗辑开始负责“雪地”工程。
公元2214年（危机纪年第208年，威慑纪年元年）：
罗辑在叶文洁和杨冬的墓前与三体文明谈判。黑暗森林威慑建立，三体文明停止对地球的入侵。
公元2219年（威慑纪年第5年）：
罗辑通过智子与三体文明的1379号监听员对话。
