1、两者含义不同
菌落形成单位（cfu）指单位体积中的细菌、霉菌、酵母等微生物的群落总数；而MPN指最大或然数，计数又称稀释培养计数，适用于测定在一个混杂的微生物群落中虽不占优势，但却具有特殊生理功能的类群。
2、两者计算方式不同
CFU法为将样品用无菌生理盐水进行系列稀释，以涂布法接种于平板，或以混碟法进行操作，经过一定时间的培养之后，直接统计平板上的大肠菌群菌落。该方法测定的是样品中所含的现时可培养的活的微生物数量，所以称之为活菌计数法。
MPN法是一种常见的间接计数法，但其存在一定的局限性。目前，以Petrifilm纸片法、VRB(Violet Red Bile）平板法等直接计数法正越来越得到广泛使用。
