第二部如期而至，第二部的核心思想是苟活着的人类真实时间，带观众看了一下人类地下深处大本营，为了保暖，尽量离地心近，也见识了其他外派舰队。大本营里有议员，统帅，各执其责，有的负责本土防御的战争部队，人坐在机器人里面发射炮弹，有的负责外派出去穿插二次元执行任务。
第二部主要讲，人类大本营被人工智能发现，并且发起战斗总攻，派出钢铁八爪鱼部队，还有钻头部队，不搞花里胡哨的，就以多取胜。而人类对付机器人方法是，一个用枪炮打，但是用在全面战争时候，因为会暴露目标，从而引来更多的敌人部队。二是用电磁炮，属于电力同归于尽，杀伤半径大，副作用是飞船上的所以电力系统瘫痪。第三部里面有飞船小队驾驶飞船往大本营飞，目的是要飞回去发射电磁炮。
第二部战争爆发原因，上一部中杀毒黑衣人大队长进化了，直接控制了从二次元世界返回人类世界的外派巡逻员。其实这种控制不用搞个另外一个二次元世界也能实现，因为人类进入虚拟世界的方法就是通过大脑精神进入，而在二次元世界大脑被控制了，不就是相当于被控制者回到现实世界大脑依旧被控制状态吗。这个被控制者是网警大队长附身，第三部里面有救世主基努与其战斗场面，基努被搞瞎了双眼，但是在人类世界，大队长没有像在二次元世界那么变态，只是一个人在战斗，身体也不是打不坏的钢铁之躯。
有个大本营要被攻击的原因，牙缝小分队准备出击进入虚拟世界，这一举动在游戏里面称之为换家，直接准备去虚拟世界找寻造物者，程序世界总设计师。又是通过虚拟世界的黑帮漏洞，又是找到钥匙人，历尽千辛万苦，终于找了造物者，知道了造物者就是人工智能计算器，又被预测了一波未来，救人类大本营女友会死，救女友人类会灭亡。
