红河州的水系分属红河水系、珠江水系，南部属红河水系，北部属珠江水系，河流主要有李仙江、藤条江、南溪河、曲江、甸溪河等，境内集水面积在100平方公里以上的河流有180条（含南盘江、红河2条干流），其中，珠江流域65条、红河流域115条；集水面积在1000平方公里以上的河流有12条，其中，珠江流域5条，分别为南盘江、曲江、泸江、沙甸河、甸溪河；红河流域7条，分别为红河、小河底河、南溪河、李仙江、泗南江（牛孔河）、小黑江、藤条江（勐拉河）。红河州的湖泊均为淡水湖，分布在南盘江流域，主要有异龙湖、赤瑞湖、三角海、大屯海和长桥海。
