李珥是李元秀与申师任堂的第三个儿子，出生于江陵（江原道），字叔献，号栗谷、石潭、愚斋。
其母申师任堂在诗文和书画上有很高的造诣，李珥从小受母亲的熏陶，8岁就能作汉文诗，1548年，13岁的李珥考中进士初试，震惊了当时江原道的教育界。
1551年，其母申师任堂离世，后李珥离家进金刚山学禅，经过长期的苦心探究，对禅学取否定态度，重回家乡攻读儒学典籍。1558年去陶山拜大儒家李滉为师。1564年再次考中生员、进士科和明经科，历任户曹佐郎、吏曹佐郎、户曹判书、大提学等官职。
在因病辞官期间，他回到地方专心从事书院教育事业。
