没有官方认定哪座少林寺是正宗南少林。在南少林的争论中，拥有最多赞同者的是三座古寺，一为莆田少林寺，一为泉州少林寺，一为福清少林寺。考古发现，唐末宋初建于福清东张少林自然村的少林院，为福建查有实据的年代最早的古少林寺。
经福建省、福州市联合考古队对遗址进行考古发掘，出土大量珍贵文物，诸如遗址中发现“少林院”、“少林”等石刻铭文，以及石桥、石盂、石槽、石碾（药臼）、石碑等上千件文物，被认为是南少林寺遗址。泉州南少林最早见于《万年青》“白眉道人奉旨大破少林寺”。清末成书《少林拳术秘诀》称：“斯时国内有两少林，一在中州，一在闽中”。唐豪考证认为：此“闽中”少林即泉州少林，从而奠定了泉州南少林的地位。早期看法认为：建于清源山麓的泉州东禅院即南少林。
对于福建几座少林寺的争执，河南嵩山少林寺方丈释永信表示：“作为少林寺方丈，我的身份，不好去评论‘南少林’的事情……我只能这样说一句话──在我们少林寺所有的典籍中，我从来没有看到过‘南少林’字样。但是，‘北少林寺’是有的，不过，那个‘北’字，不是指我们嵩山少林寺。”释永信所指的北少林寺位于天津市蓟县，嵩山少林寺将用八到十年时间对其进行恢复和重建。
但身在福建的泉州少林寺住持却并不认同释永信的说法，释常定表示，有历史凭证，南少林肯定在福建。《少林拳秘诀》第十二章“明季少林之变派”记载，中国有南北两少林寺，“一在中州，一在闽中”。
