1、环境不同：沙河校区地理位置优越，历史人文深厚，但学院较少，且硬件稍差；而本部是新校区,硬件比较好,且新校区比较大，但周边设施不完备。
2、占地面积不同
电子科技大学沙河校区：电子科技大学沙河校区占地800余亩，总建筑面积约5万平方米。
电子科技大学本部：电子科技大学本部占地4000余亩，总建筑面积约70万平方米。
3、 专业设置不同：微固、光电、物电、信软、医学院这5个学院在新校区，到高年级才会搬到沙河校区，方便实习和就业。沙河校区是老校区，新校区是清水河校区。
4、两者学费差异比较大
比较细心的高考生及家长会发现两大校区的一个细微的区别，本部清水河校区绝大部分理工类专业的学费都是4900元、文科类专业学费更是只要4400元。而沙河校区的专业，学费则大异于本部，中外合作办学的专业学费高达6万元，软件工程、集成电路设计与集成系统等专业学费则是9800元，临床医学专业为6000元，只有护理学专业与本部专业学费一致是4900元。
5、录取分数线的区别
清水河校区：四川652-672分、重庆613-674分、贵州609-622分、湖南633-648分等。
沙河校区：四川564-648分、重庆598-656分、贵州608分、湖南619-631分等。
从两大校区的所有专业投档分数线来看，本部清水河校区的录取分数线要远远高于沙河校区的录取分数线。
