迪迦奥特曼《不败的勇者》是原班人马.在迪迦与加坦杰厄决战的两年之后,因为迪迦消失而急于补充战力的TPC官员制订了绝密的F计划。旨在探索迪迦与加坦杰厄的战场——露露耶的超古代遗迹以寻找新的巨人。但不幸的是,在探索过程中,3个在3000万年前被迪迦击败的三名邪恶巨人(卡蜜不败的勇者 拉、达拉姆和希特拉)复苏了,并且带领无数佐加攻击调查队(居间惠队长正在调查队中)。与此同时,幽怜借居间惠队长的身体出现并在露露耶部下了一个能维持100年的结界以保护人类。 而大古出现了很离奇的幻觉。先是梦见与丽娜的婚礼上所有的来宾都变成了卡蜜拉, 再是邪恶巨人和无数佐加前来摧毁城市,而自己却得到了一个黑色的神光棒,也只能变成黑暗迪迦。但回过神来,却又什么也没发生,甚至因为在幻觉中说出卡米拉的名字而引起丽娜的不满。(其实卡蜜拉是3000万年前黑暗迪迦的恋人) 当晚,大古为了了解黑暗迪迦的真相,就去了TPC的仓库寻找幽怜的时光机器,但时光机器在播放了一段黑暗迪迦与卡米拉、达拉姆和希特拉一起破坏世界的影象后就自毁了。 就在这时,卡米拉、达拉姆和希特拉出现了,在攻击大古之后卡米拉道出了真相。3000万年前,奥特曼在击倒了所有敌人之后,为了利益而开始了内战。4人在那时曾一同称霸了世界,而迪迦则在幽怜的劝说之下放弃了黑暗并获得了光的力量,而且最终击败了他原来的同伴。而现在卡蜜拉、达拉姆和希特拉被困在结界中,他们以居间慧队长来要挟大古重回黑暗,以便打破结界、重新称霸世界。 而大古为救居间队长,孤身前往露露耶。在露露耶大古又一次变成了黑暗迪迦,而且在变身时结界也被打破了,而且露露耶也爆发出了比加坦杰厄出现时更强的黑暗能量。GUTS的亚格迪斯号在佐加的攻击下逐渐不支,幸而未来的SUPER GUTS(相浩介、幸田、寿矢和公川良)前来支援才转危为安。而且,居间队长也依靠宗方指挥送给她的护身符拿到了掉在洞中的引爆器,消灭了所有的佐加。 迪迦也击败了达拉姆和希特拉重新得到了光的力量,被卡蜜拉打败,最后在觉醒的超古代战士的帮助下打败了卡蜜拉,而露露耶再一次沉入了海中。 大古和丽娜最终成婚,而且还去了火星。不过在踏上旅途之前,有一个人向大古脱帽行礼,那人竟是——飞鸟信!
2038年的一天,SUPER GUTS预备队员小翼(大古的儿子)在飞行训练时碰到怪兽,突然时空扭曲,回到了3000万年前。他被那时候的一个村里小孩阿姆伊救了。幽怜巫师感到有什么事要发生。果然,那只怪兽受了黑暗界魔神的控制,袭击村子。怪兽防卫队的人们开始对怪兽发动攻击(武器都是弓箭、木棒和大石头),小翼也帮忙。 在这关键时刻,一位女侠手持斩妖除魔剑,给了怪兽重重的一击。可效果不怎么样。小翼突然发现,女侠的布袋里有一个青铜神光棒,便拿了起来,说:“这怎么像妈妈所说的‘神光棒’啊!我应该有爸爸的遗传因子!”说完小翼举起青铜神光棒变成了迪迦奥特曼。没打多久,计时器闪起了红灯。迪迦拽住怪兽的尾巴,把怪兽抛了出去,怪兽逃走了,迪迦也消失了。原来,迪迦并没有被完全唤醒,因为小翼心中还有些犹豫不能完全抛开。 怪兽又来了!小翼试图抛开心中的犹豫,幽怜说:“如果真的按预言说的话,真正的光之继承者应该在村子里。刚才魔神一来,阿姆伊就有强烈的反应,应该是他不会错了。”而操纵怪兽的两个家伙,一个被迪格尔的光球打得粉碎,另外一个则是被玛荷罗巴在空中一剑劈得粉碎。而怪兽已经找到了藏着巨人石像的金字塔。 这时,黑暗界的魔神从天而降。小翼又变成了迪迦。站在黑暗魔神和怪兽的中间,迪迦先向黑暗魔神扑去,(哇噻!迪迦怎么那么小?迪迦只有魔神的肚子那么大。)被弹了回来,迪迦又向黑暗魔神一飞踢,被黑暗魔神一扇,飞了,一会儿,计时器还是亮了红灯。迪迦用最后的力气发出了哉佩利敖光线,先干掉怪兽,被黑暗魔神一脚踢飞就消失在了河谷中。 玛荷罗巴,龙,还有迪格尔都在寻找小翼,小翼被救到了河岸边,这时玛荷罗巴看见掉落在河里的青铜神光棒,在这危急时刻,已经苏醒的阿姆伊捡起青铜神光棒,变成了迪迦。果然,阿姆伊使迪迦完全苏醒了。迪迦先变成空中型,把魔神弄得团团转。又变成力量型,使出迪拉休姆光流,结果把黑暗魔神炸得粉碎。天空恢复了晴朗,阿姆伊自己也不敢相信自己成了英雄。这时,小翼说:“玛荷罗巴,我对你一点陌生的感觉也没有。”玛荷罗巴说:“我也一样。”小翼说:“你很像我的姐姐!”玛荷罗巴回答:“你可别乱说,我可会生气的!小翼就打开了吊坠型相册,里面是小翼和小光姐姐。玛荷罗巴回答:“难道你是我的子孙!”小翼回答道:“应该是吧。” 玛荷罗巴继续了她的旅行,而小翼也将要回到现实中去了。