菌毛类型很多，根据菌毛功能可将其分为两大类：普通菌毛(Commonpili)和性菌毛(Sexpili或Conjugalpili)。
1．普通菌毛普通菌毛长0.3～1.0um，直径7nm，可增加细菌吸附于其他细胞或物体的能力。例如肠道菌的I型菌毛，它能牢固的吸附在动植物、真菌以及多种其他细胞上，包括人的呼吸道、消化道和泌尿道的上皮细胞上；有的能吸附于红细胞上，引起红细胞凝集；有的是噬菌体的吸附位点。菌毛的这种吸附性可能对细菌在自然环境中的生活有着某种意义。
2．性菌毛性菌毛是在性质粒（F因子）控制下形成的，故又称F-菌毛（F-pili）它比普通菌毛粗而长，中空呈管状，数量少，一个细胞仅具1~4根。性菌毛是细菌传递游离基因的器官，作为细菌接合时遗传物质的通道。现在很多学者趋向于用纤毛表示普通菌毛，而菌毛多指性菌毛。带有性菌毛的细菌称为F+菌或雄性菌，无性菌毛的细菌称为F-菌或雌性菌。F+菌体内的质粒或染色体DNA可通过中空的性菌毛进入F-菌体内，这个过程称为接合（conjugation）。细菌的毒性及耐药性等性状可通过此方式传递，这是某些肠道杆菌容易产生耐药性的原因之一。
