故事开始，杰洛特收到叶奈法的信，和维瑟米尔一起去找她。三人在百果园相遇后，维瑟米尔回了凯尔莫罕，叶奈法带着杰洛特去见恩希尔。恩希尔告诉杰洛特，希里回来了，并要求杰洛特找到希里并带到他跟前。
接着杰洛特跟着希里的踪迹，依次去了威伦、诺维格瑞和史凯杰利三个地方。威伦的故事主要围绕血腥男爵和三个老巫婆展开，剧情中不同的选择也会影响到结局的走向。
而在诺维格瑞则可以见到特莉丝和丹德里恩，最后到了诺维格瑞杰洛特再次见到了叶奈法，同时卷入了一场权利争斗当中。
杰洛特最终在史凯杰利地区找到了希里，并把她带回了凯尔莫罕。众人开始为狂猎的入侵作准备，根据玩家前期的选择和任务完成情况，这里会有不同的人前来帮忙。可惜防御战最后以惨败收尾，希里目睹了维瑟米尔为保护自己而死，陷入暴走并赶跑了狂猎。
进行了简单的追悼仪式后，杰洛特带着希里去复仇，杀三个老巫婆，杀狂猎的大将军。杰洛特在阿瓦拉克的帮助下，和盖尔取得联系，后者得知艾瑞丁杀害前国王的真相后，决定不再帮助艾瑞丁。盖尔还告诉杰洛特召唤艾瑞丁的方法，最终失去后援的艾瑞丁败给了猎魔人杰洛特。
但故事还没结束，短暂的欢乐时光过去，希里决定牺牲自己去阻止白霜的到来。这时候根据玩家之前的选择，剧情主线会有三种结局。
一是希里进了塔以后再也没出来；
二是希里继承了恩希尔的王位；
三是希里成为了一名狩魔猎人。
如果希里进入塔后没能出来，那白狼会在杀完逃掉的老巫妪后被大群食尸鬼包围弃疗。
另外，根据杰洛特的感情状况也会有三个结局：
单身；
和叶奈法在一起；
和特莉丝在一起。
玩家可以根据自己的理解，通过各个地方的选择来打造出属于自己的结局，这也是巫师3的伟大之处。
