一、含义不同
1、生物圈是指地球上凡是出现并感受到生命活动影响的地区，是地表有机体包括微生物及其自下而上环境的总称，是行星地球特有的圈层。它也是人类诞生和生存的空间。
2、生态系统指在自然界的一定的空间内，生物与环境构成的统一整体，在这个统一整体中，生物与环境之间相互影响、相互制约，并在一定时期内处于相对稳定的动态平衡状态。
二、范围不同
1、生物圈包括海平面以上约10000米至海平面以下10000米处，包括大气圈底部（可飞翔的鸟类、昆虫、细菌等），岩石圈的表面（是一切生物的立足点），水圈全部（距离海平面150米内水层）。
2、生态系统的范围比生物圈大，地球最大的生态系统是生物圈。太阳系就是一个生态系统，太阳就像一台发动机，源源不断给太阳系提供能量。最为复杂的生态系统是热带雨林生态系统，人类主要生活在以城市和农田为主的人工生态系统中。
三、组成成分不同
1、生物圈主要由生命物质、生物生成性物质和生物惰性物质三部分组成。生命物质是生物有机体的总和；生物生成性物质是由生命物质所组成的有机矿物质相互作用的生成物，如煤、石油等；生物惰性物质是指大气低层的气体、沉积岩、粘土矿物和水。
2、生态系统的组成成分:非生物的物质和能量、生产者、消费者、分解者。其中生产者为主要成分。生产者中植物为自身和其它生物提供营养，消费者是各种动物直接或间接以植物为食。分解者的细菌、真菌等微生物分解动植物尸体，非生物因素如阳光、空气、水、等。
