名侦探柯南》中，身为小学生的柯南原本是一名比较有名的高中生名侦探，原名叫作工藤新一，在当时的人们眼里，工藤新一被看作是是90年代的“夏洛克”和“福尔摩斯”，甚至被说成是日本警察的“救世主”,他拥有极高的推理水平和聪明的头脑，是一个天赋异禀的侦探天才，然而就是这么一个集万千宠爱于一身的侦探天才在一次意外中身体变小，成为了一个只有7岁的小学生柯南。
在第一集的时候，工藤新一的身体就变小了，事情的经过是这样的，工藤新一和毛利小五郎的女儿小兰一起去游乐园约会，在他们一起散步的过程中，新一无意间看到一个可疑的黑衣人慌慌张张跑进黑暗的房子后面，于是，新一让小兰先回去，他自己就开始跟踪那个黑衣人，竟然发现房子后面还有一个黑衣人，这两个人正在进行非法的交易，那个光头黑衣人捧着一箱钱，神色比较慌张，原来他们交易的是光头黑衣人公司走私枪械的证据底片。
当新一正在观察那两个黑衣人的举动时，却没有发现此时还有另外一个黑衣人正在慢慢接近他，并在新一没有任何防备的时候，把新一打晕了。随后，一名黑衣人想一枪打掉新一，但被另一名黑衣人阻止，这名黑衣人从怀里拿出一个药盒子，药盒子里有好几粒胶囊状的药品，这种药品是他们组织里面新开发的毒药APTX4869，黑衣人想拿新一做人体实验，就给新一服了这种毒药，喂了毒药以后，新一感觉到自己的身体好热，感觉骨头好像快要融化了，随后，新一有一次晕过去了。
后来新一被游乐场的值班保安发现了，当新一醒来以后，惊奇地发现自己已经变成了小孩，不仅身体变成了小孩，而且声音也是小孩的声音，随后他就跑到博士那里去了，把一切事情的经过都告诉了博士
