2007年3月，在深圳市第四届人民代表大会第三次会议上，《政府工作报告》中决定筹建南方科技大学。
2007年4月，深圳市政府组建南方科技大学筹建工作办公室，开展筹建前期工作。
2007年6月，深圳市政府首次向广东省提交筹建南方科技大学申请。
2010年12月，教育部同意筹建南方科技大学。
2012年4月，教育部同意建立南方科技大学。
2013年7月，南方科技大学开始迁入新校区。
2014年。9月14日，广东省政府在广州举行广东省高水平理工科大学共建协议签署仪式，南科大与广东省教育厅、深圳市政府签署《共建南方科技大学协议》，这标志着南科大正式进入首批广东省高水平（理工科）大学建设行列。
2022年2月，入选第二轮“双一流”高校名单。
