1、在基料调配过程中水分偏低。由于培养料干燥，没有达到菌丝萌发的标准要求导致不发菌或者菌种活跃度降低。
2、基料发生酸变。大家都知道，香菇培养料的PH值是有固定标准的，一旦高酸或者高碱将会直接导致菌丝不萌发。在实际操作过程中，出现PH值误差多是由酸度过高造成的。因为在香菇基料的制作中，稍有不慎和操作疏忽极容易使营养料变酸。基料加水混拌结束后堆积时间过长，没能及时装袋灭菌，加速了料中微生物的滋生，导致基料变酸。还有，锅炉上火太慢也能使基料发酵酸变。
3、接种时菌棒没有冷却。菌棒在高温时接种，一个是会让菌种在高温环境中退菌和活力减弱，另一个是菌棒表层和内部形成温差，内热外冷，水分在接种口冷凝，导致发菌缓慢。
4、高温且通风不畅。高温季节或者发菌场所堆放菌棒无序过高过密，造成棚内温度过高，形成厌氧状态也是菌棒发菌迟缓的一个原因。
