关于包拯当时在开封逝世时的情况，墓志铭上记载为：“嘉佑七年五月己未，方视事，疾作为归。上遣使赐良药，辛未，遂以不起闻。” 从以上记载可知，包拯从发病到亡故仅有13天的时间，在这段时间内他还服用了“上遣使赐良药”。由于包拯生前敢于谏诤，不畏权贵，执法不徇私情，受到贪官污吏的仇视，又这样突发性地去世，不能不引起人们的怀疑和关注，即包拯究竟是病死？还是服药后被毒死的？最近，中国科学院高能物理研究所与安徽省博物馆等单位合作，利用北京正负电子对撞机产生的同步辐射，对包拯遗骨进行了研究。发现包拯遗骨中钙、铁、汞元素比现代人骨中的含量高，而砷和铅的含量均比现代人骨中的含量低或相近。 众所周知，古代的毒药主要有砒霜（砷）、朱砂（汞）等，它们都具有“剧毒”的性质，包拯遗骨中砷含量较现代人低，可以初步排除包拯生病时服用大量含有砒霜药物的可能性，至于包拯遗骨中汞含量较现代人高，这有两种可能：一种是古人为保存尸体（防腐），在棺木中放入朱砂，由于朱砂对骨头的侵蚀和污染引起汞含量增高；另一种可能是包拯生前曾服用小剂量含汞药和食品。同步辐射的研究结果，排除了包拯生前服用大量含有砒霜药物的可能性，但不排除服用小剂量含汞药物或食品的可能性。分析结果支持包拯属正常死亡的结论 。但是，从生病13天就死了、还是服用了皇帝赐的药后突然死亡， 还有检测结果遗骨中钙、铁、汞元素比现代人骨中的含量高 和 死后出殡的要21口棺材分别从七个城门而出、很明显包拯知道死了仇家也不会放过自己、怕别人找到他的真实坟墓 故设疑冢，这几点来看，包公真的可能是被仇家换了御赐的药、是被毒死的。
