二者的主要区别如下：
第一、 植株不同：其中川紫苑的植株高20-50厘米，花蓝紫色，瘦果狭倒圆卵形；而紫苑的根状茎斜升，茎直立，高40-50厘米，粗壮，基部有纤维状枯叶残片且常有不定根，有棱及沟，被疏粗毛，有疏生的叶。基部叶在花期枯落，长圆状或椭圆状匙形，下半部渐狭成长柄。
第二、 分布区域不同：其中川紫苑生于山地林下或溪岸，海拔3300-3500米的地区，包括四川西部的理县、马尔康、卓斯甲等地；而紫苑则在国内主产于河北、内蒙和东北三省等地区，在国外朝鲜、日本等地亦有分布，通常生长于潮湿的河边地带。
