耿姓最早起源于子姓，属于以地名为姓。据史书记载，商朝第十四代君王名祖乙，因苦于东南方夷人的侵扰，他将都城由相（今河南内黄）迁到邢（又称耿）邑，后来的盘庚（商朝第二十代国君）又把都城迁到毫。
邢在古代读做耿，盘庚迁都后，一部分商朝公族没有跟随南迁，仍然留在邢邑。这一部分人就把邢作为自己的姓氏，后来为了与读音Xíng的邢姓相区别，将这个姓的写法改做耿，称耿姓，他们尊祖乙为其得姓始祖。
2、出自姬姓，以国名为氏
①据《通志·氏族略·以国为氏》所载，商代末年有一个耿国（今陕西省龙门县南），周朝建立后耿国灭亡，耿国子孙奔楚为大夫，以国为氏，称耿氏。
②周朝时，皇室将同姓人封于耿，又为诸侯国（即耿国）；春秋时，耿国被晋国灭掉，原耿国公族多以原国名“耿”作为自己的姓氏，成为耿氏的一支，这也是耿姓起源和来历之一。
3、出自他族或他族改姓
①清高丽人有耿姓，世居博川郡；
②清满洲人有耿姓，世居沈阳；
③裕固族各尔格兹氏汉姓为耿；
④羌族耿家志（房名），后改姓耿；
⑤今满、蒙古、土家、锡伯等民族均有此姓
