1. 定义不同：绿色食品通常是指在生产、加工、销售等环节中对环境进行了较好的保护并且对农作物、畜禽健康监管把控更加严格的食品。而有机食品则是指采用了有机农业生产标准，不使用合成肥料、农药，不进行转基因等方式生产的安全健康食品。
2. 检测标准不同：绿色食品的标准制定并不像有机食品那样有明确的标准体系，通常都是通过企业自我申报、第三方检测等方式进行把控，缺乏专业、标准统一、权威性等特征。而有机食品则有明确的标准，如中国有机食品认证体系（OFDC）制定的有机产品认证规范等。
3. 目标不同：绿色食品在生产、加工、销售等环节中更注重对环境和健康的保护，以减少生产过程对环境、人类的健康和自然资源的破坏。而有机食品则更加注重食品的健康和安全问题，以减少食品中化学物质、农药残留等对人体健康的危害。
