一、两者的实质不同：
1、绝对配额的实质：指在一定时期内，对某项商品的进口在数量上或金额上规定一个最高限额，超过这个限额便不准进口。
2、关税配额的实质：指的是资本主义国家限制进口非关税，可享受较低的优惠关税，如超过配额仍可进口，但进口国就要征收一种较高的关税。
二、两者的方式不同：
1、绝对配额的方式：绝对配额又分为两种形式，包括全球配额和国别配额。
2、关税配额的方式：对商品进口的绝对数额不加限制，而对在一定时期内，在规定的关税配额以内的进口商品，给予低税、减税或免税待遇，对超过配额部分的进口商品征收高关税、附加税或罚款。
三、两者性质不同：
1、绝对配额的性质：属于世界范围的绝对配额，对来自任何国家或地区的商品一律适用，即按进口商品的申请先后批给一定的额度，至总配额发放完为止。在总配额内按国别和地区分配给固定的配额，超过、规定的配额就不准进口。
2、关税配额的性质：高额的进口关税，在无形中会对进口货物产生限制作用。关税配额是在受惠国内部或国家集团成员国之间进行分配的最高限额。这种配额如由所有受惠国使用的，称为全球关税配额；如仅限于个别受惠国单独使用的，称为单一受惠的国关税配额。
