区别如下。
自贸区和自贸港的区别是不同的战略地位，自贸区是位于在特定地区探索试验可复制推广到全国各地的经验。
而自贸港的定位是全面开放的新高地，后续将其是作为全球开放水平最高的区域来进行的。对此，自贸区可能就是一个义务教育阶段的研究对象，而自贸港则是达到了研究生甚至博士生的教育水平。
对整个体系来说，自贸区和自贸港最大的区别在于，自贸区侧重于货物流通方面的开放，而自贸港则是全方位的开放，包括货物流通、货币流通、人员流通、信息流通，以及更重要的法律和监管方面的全方位变革。因而可理解是自贸区的开放等级远不如自贸港，自贸港的相关申报、开放水平是远远高于自贸区。
