天然色素直接来自动植物，除藤黄外，其余对人体无毒害。但基于安全考虑，国家对每一种天然食用色素都规定了最大使用量。
目前我国允许使用的天然色素有植物类色素、昆虫类色素、微生物色素、酱色这四种。
植物类色素
由植物的根、茎、叶、果实、种子等提取加工制成。属这类的有甜菜红、姜黄、红花黄、叶绿素铜钠盐、越桔红、辣椒红、辣椒橙、桅子黄、菊花黄、黑豆红、高粱红、玉米黄、萝红、可可壳色素、玫瑰茄红。
昆虫类色素
如虫胶红色素，为紫胶虫在寄生植物上所分泌原胶中的一种色素成分。
微生物色素
如红曲米，是我国传统使用的天然色素，将紫红曲霉接种在米上培养制成。所产红曲色素有6 种不同成分，其中包括红色色素，黄色色素和紫色色素各两种。标准中规定不限量用于配制酒、糖果、熟肉制品及腐乳。
酱色
俗称焦糖，是将蔗糖、葡萄糖、或麦芽糖浆在160至180℃高温下加热使之焦糖化，再用碱中和制成的红褐色或黑褐色膏状物或固体物。
为了加速反应在大量生产中加入按盐作催化剂。由于有报告这种按盐制酱色 可引起动物惊厥。我国只允许使用不加按盐的酱色。
食用天然色素是否真的无毒呢？
天然不等于无毒，这个简单的科学道理往往被人们所忽视。
评价某一种物质的毒性大小，除人们已有多年广泛食用的历史外，只能用动物试验来推算到人，制定出每人每天以公斤体重计算最大允许摄入量。在这个范围内一般认为是安全的。
然而不少天然色素的毒性资料比较少，也就是说它们的毒性还不甚清楚。
