六天大的玛丽成了苏格兰的女王，王位的下一个继承人亚兰伯爵二世詹姆士·汉密尔顿，在1554年以前扮演着摄政王的角色。后来女王的母亲摄政，直到1560年去世。玛丽出生六个月之后，1543年7月，根据格林威治条约，她应该与英格兰的爱德华六世（英格兰的亨利八世之子）在1552年结婚，他们的继承人将继承英格兰王国和苏格兰王国的王位。两个月以后，玛丽和她的母亲（当初曾强烈反对他们的婚姻），躲进了为玛丽加冕而准备的斯特林城堡。
玛丽于1543年9月9日在斯特林城堡的王家小礼拜堂加冕为苏格兰女王。如此年幼就加冕为女王和独特的典礼，这场加冕一时在欧洲成为街谈巷议的焦点。
加冕那天，玛丽身着缩小了的厚重的王家礼服。她柔嫩的脖子上系着深红色天鹅绒斗篷，下摆为貂皮，带有长袖镶有宝石的绸缎长袍包裹着这个婴儿，她已经可以坐起但尚不能走路。林斯顿大人怀抱着她庄严地走进王家小礼拜堂。礼拜堂内，林斯顿爵士把玛丽带到圣坛前，轻柔地将她放在已经放置好了的王位上。然后他起身扶住她，使她不会滚下。
