要充分考虑洁污分区，平面应能清晰的分出清洁区、半污染区、污染区，各区域应有相应的隔断隔开。清洁区一般由办公室、会议室、资料室、更衣室、示教室（教学医院）等组成；半污染区一般包含物料库房、制水室、休息区等辅助功能用房；污染区主要为标本采集区、标本处理室、各检测试验室、 洗涤室、消毒处理室等。
在内部流线设计上：应人物分流、洁污分流。人员和物品应有相对独立的出入口，特别是污物要有独立的出口，并能直接快速的送至医院的医疗废物存放点或处理站，如污物需由电梯运送，应通过污物电梯，不得使用客梯和病床梯，更不能与供应电梯共用。
