1、培养方向不同。
根据我国的有关规定，普通硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；而专业硕士是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。
2、考试难度不同。
英语课程部分：专硕大部分考英语二，难度较低，考试分数专硕比学术低。
3、导师制度不同。
专业硕士有两个导师，一个是学术理论指导导师，一个是实践活动指导导师；学术硕士只有前者学术理论指导导师。
4、学费不同。
普通硕士按国家规定享受免学费待遇或者奖学金制度，学费般不高于8000元每年；专业硕士学费较贵，按照不同专业类别差别较大。专业硕士学位一般不能申请国家助学贷款，但也有一定的奖学金制度。
5、学习方式不同。
普通硕士是全日制学习，一般学制为3年；专硕士全日制学习般为2年，半脱产学习一般为3年。
6、招生条件不同。
学术硕士一般没有工作年限的要求；专业硕士中的工商管理硕士、公共管理硕士、工程管理硕士、旅游管理硕士、工程硕士中的项目管理、教育硕士中的教育管理、体育硕士中的竞赛组织以及单独设置考试的，都有相应工作年限的要求。一般专科要求5年，本科要求3年，硕士要求2年。
