穿行于人妖两界的阴阳师晴明，因与一众妖怪缔结契约，酿成大祸，深陷危机。而与此同时，妖皇势力正卷土重来，一场恶战一触即发。在风云突变、局势动荡的危急时刻，晴明恍然发现，自己人妖混血的身份，竟是这一切灾祸的关键......
晴明串起电影的整条故事线，半人半妖的他从小就受人非议，靠青梅竹马百旎的呵护维持着心中的正义，后因被误会偷盗鳞石被所在的阴阳寮逐出，和与他同样无处可去的妖怪缔结侍神令，小侍神们与晴明共同生活在晴明的庭院中，七年后鳞石失窃又阴差阳错地落到了他手上，百旎因此追到他的住所，两人却解开了当年的误会，这部电影丰富的情感有一大半就源于晴明“人”“妖”双重身份。
