一、食用价值不同
蒲桃属植物的主要作用就是果实的食用，红鳞蒲桃果实的食用率可达到80％；而水晶蒲桃虽是蒲桃的变种，果实也可食用，但食用率较低，且受精、结果率不高。
二、植物形态不同
红鳞蒲桃为灌木或中等乔木，叶片革质，狭椭圆形至长圆形或为倒卵形，嫩叶为显目的红色；而水晶蒲桃则是常绿乔木，叶多而长，披针形，长约12厘米，革质，并无红色嫩枝。
三、观赏价值不同
红鳞蒲桃具有很高的观赏价值，是一种非常普遍的观叶植物，可应用到绿墙、绿蓠、树蓠、群植、地被板块和大型红树林的彩色景观，观赏其四季多种色彩变化的效果；而水晶蒲桃的树冠丰满浓郁，香气浓，具有一定的观赏效果。
