1、两者的性质不同
碧玺是电气石的工艺品名，是电气石族里达到珠宝级的一个种类，是一种硼硅酸盐结晶体。碧玺的成分复杂，颜色也复杂多变。国际珠宝界基本上按颜色对碧玺划分商业品种，颜色越是浓艳价值越高。
水晶是稀有矿物，宝石的一种，石英结晶体，在矿物学上属于石英族。发育良好的单晶为六方锥体，所以通常为块状或粒状集合体。
2、两者的颜色不同
碧玺呈黑色和绿色，富镁碧玺显示黄色或褐色，富锂、锰、铯碧玺显示玫瑰红色、粉红色、红色或蓝色；富铬碧玺显示深绿色。其中以蔚蓝色和鲜玫瑰红色碧玺为上品。
水晶呈粉色、紫色、黄色，茶色等。经辐照微量元素形成不同类型的色心，产生不同的颜色，如紫色、黄色、茶色，粉色等。含伴生包裹体矿物的被称之为包裹体水晶。
3、化学成分不同
碧玺是一种复杂的硅酸盐，水晶是一种无色透明的大型石英结晶体矿物。水晶的主要化学成份是二氧化硅，当二氧化硅结晶完美时就是水晶；二氧化硅胶化脱水后就是玛瑙；二氧化硅含水的胶体凝固后就成为蛋白石；二氧化硅晶粒小于几微米时，就组成玉髓、燧石、次生石英岩。
