1．行间直联模式。
采用这种模式，付款人银行、收款人银行、清算中心都需要有处理电子支票的设备。具体的运作流程为：
①付款人用IC卡插入指定设备，生成一张电子支票，通过Internet传给收款人； ②收款人在电子支票上加盖电子签名并用私有密钥加密，发送给收款人银行； ③收款人银行对电子支票进行解密、认证处理； ④收款人银行把处理过的支票发往清算中心与付款人银行进行行间清算； ⑤付款人银行通知付款人支票的处理情况； ⑥收款人银行通知收款人支票的处理情况2．跨行联接模式。
采用这种模式，只需支付网关配备电子支票处理设备即可，各银行的硬件设备无需改动，只要求对软件进行少许修改。 具体的运作流程为：
①付款人用IC卡插入指定设备，生成一张电子支票，通过Internet传给收款人； ②收款人在电子支票上加盖电子签名并用私有密钥加密，发送给支付网关； ③支付网关对电子支票进行解密处理，送给认证中心认证； ④支付网关将认证后的电子支票进行格式转换，转为银行原有的支票格式，并送往收款人银行；⑤收款人银行处理后发往清算中心，与收款人银行进行行间清算； ⑥支付网关将处理结果通知收款人与付款人。 从以上步骤可以看出，支付网关起着支付信息的处理与转发的作用，由于把支付信息集中起来处理，处理的效率将得到很大的提高。3．两种运作模式的比较 行间直联模式利用了现成的银行网络资源，但各个银行都需要添加电子支票的处理设备。随着网络经济的高速发展，参与行间直联的银行数目和参与交易的对象的不断增加，当设备升级时，所有银行都需要对硬件、软件进行更改，从而造成社会资源的浪费。跨行联接模式则解决了上述问题，由于所有的电子支票交易都通过统一的支付网关进行，当需要对硬件、软件进行升级时，也只是对统一支付网关做相应的更改。
