（一）战略目标不明晰，对开发重要性认识不足
目前部分城市贯彻TOD发展理念不够，在线路规划时对沿线站点、场段商业和上盖开发带动区域经济发展，提升城市品质方面考虑不足，对综合开发的定位没有真正上升到壮大轨道交通经济、带动城市发展的高度，制定城市轨道线网规划、建设规划时主要考虑的是交通功能，而忽视了开发的重要性及其带来的巨大经济效益。部分城市的规划部门虽然列出大面积土地，但由于政府、轨道公司等相关部门单位的出发点不同，参与度不够，不能真正形成合力，使得在TOD工作实际开展过程中，往往出现难以获取土地、规划调整难度大、程序复杂等问题。
（二）土地获取方式单一，开发收益无法得到有效保障
TOD模式在实际操作中的关键在于土地使用权如何获取，目前部分城市虽然明确了可通过协议出让方式获取土地，即由政府以会议纪要或协议的形式将拟开发用地的使用权出让给轨道公司。但我国《节约集约利用土地规定》规定“国家机关办公和交通、能源、水利等基础设施、城市基础设施以及各类社会事业用地中的经营性用地，实行有偿使用”，“经营性用地应当以招标拍卖挂牌的方式确定土地使用者和土地价格”，由此可见，轨道交通的综合开发地块采用协议出让的方式还有待进一步商榷，但如果采用“招拍挂”出让方式，轨道公司往往因资质、人员、能力等原因无法独立开发，在实际操作中，多由轨道交通公司与房地产企业联合或由房地产企业单独开发，但这也面临着几个问题：一是由于房地产企业提前介入，规划设计方案往往具有很大的指向性，而后期如果该房地产企业不参与土地“招拍挂”，将导致项目面临长期搁置的局面;二是采用土地“招拍挂”方式，会导致开发主体不明确，开发收益无法得到有效保障。
（三）轨道交通建设与开发衔接难度大，缺少系统程序
轨道交通主体建设与物业开发因建筑类型、建设时间等方面存在差异，存在衔接上的难点。一是轨道交通设施为工业建筑，物业开发属于民用建筑，二者存在明显的管理界限，各部分的交通组织等需区别考虑;二是轨道交通设计、建设与物业开发往往不能同步进行，这就需要轨道交通在设计阶段充分考虑物业开发需求，为物业开发做好结构、荷载及风水电等相关设计条件的预留。而物业开发在通过“招拍挂”方式获取土地后方可建设，物业开发严重滞后地铁建设，一旦地铁面临通车运营的时间压力，势必会对物业开发造成较大影响;而如果采用包容性预留，则将会大大增加物业开发的成本，进而影响物业开发收益;三是由于物业开发与轨道交通建设关系紧密，使得工程整体周期延长，工程难度加大，安全保护措施设计和施工要求高，技术需要考虑的内容和环节多，影响物业开发收益。
