1、定位不同
公众号的目的主要是用户企业宣传、信息传递，实现企业与客户之间的信息联动，可以说公众号主要是为了服务营销。
小程序主要是为了产品和服务齐发，不仅可以实现企业宣传、信息传递，还可以实现下单购买、支付、客服等功能，功能更加完善。
2.技术上区别
公众号开发主要基于H5，也就是HTML5技术，因此公众号在稳定性以及流畅度方面，往往无法小程序相比。
小程序是基于微信端口本身的开发环境和开发语言来进行开发的，与公众号相比，更加稳定，流畅。
3.功能上的异同
公众号是基于粉丝运营的，无论是原创文章，还是搞各种营销活动，其目的最终都是为了吸引用户关注，然后再想办法将这些关注的用户进行转化，引导粉丝在商城里面消费。
小程序简单粗暴，例如用户需要购买某种东西，就会直接打开熟悉的小程序或者通过微信来搜索附近5KM内的小程序，在找到对应的小程序后，直接下单购买，无需企业、商家绞尽脑汁的想怎样去转化粉丝。而且小程序还可以与公众号打通，让公众号的粉丝直接在小程序里消费。
4、体验上的差别
在公众号中，若点击某项功能或者某篇文章，往往需要等上几秒才能加载完成，这样很容易会导致客户直接关闭页面，从而损失客户。
小程序的流畅度比较高，若点击某项功能或者某个页面，由于流畅度高，因此几乎无需等待就可以看到页面，从而提升用户体验，增强用户粘度。
