分布不同：根主要在植物底部，一般在地下；茎主要在植物的中轴，一般在地面。
功能不同：根系主要用于吸收土壤中的水分和各种养分，同时也具有支撑、繁殖和储存的功能；茎主要用于输送水分和各种营养物质，以支持一定空间内叶、花、果的生长，其中一部分还具有光合作用。
结构不同：根可分为顶端结构、初生结构和次生结构；茎分为一级结构、二级结构和横切面。
拓展：
根茎植物地下茎的一种，一般呈长形，横着生长在地下，外形像根，有节，没有根冠而有顶芽。如莲、芦苇等的地下根茎。地下茎增粗，在地表下呈水平状生长，外型似根，同时形成分支四处伸展，先端有芽，节上有侧芽和不定根，如生姜。
根尖是指从根的顶端到着生根毛部分的这一段。无论主根、侧根和不定根都具有根尖，它是根的生命活动中最活跃的部分。根的伸长、根对水分和养料的吸收以及根内的组织分化主要都是在根尖进行的。因此根尖的损伤影响根的发育。
