市场上常见的天然水晶替代品主要有合成水晶和玻璃制品，现分别介绍鉴别方法如下：
合成水晶
成分和结构与天然水晶完全相同，特别是当水晶内部非常干净，看不到任何特征时连实验室鉴定都有一定困难必须借助大型仪器。这种情况仅靠肉眼和十倍放大镜等便携仪器是很难区分天然和合成水晶的。但也有一个不太好用的方法，那就是把待测水晶放置在常温下待其温度稳定后用手感觉其冰凉的程度。一般来讲，天然水晶更凉，而合成水晶或玻璃有温感。但此法受天气和环境影响较大，冬天不适用。而且因为个人对温度的感觉有差异，所以只是个辅助鉴定手段。
但多数天然水晶中都会存在或多或少的内含物，就是行家常说的棉、绺、云雾、矿物包体等，形成绿幽灵，各色发晶等品种，一派生机勃勃。而合成水晶就比较干净，但有时也会出现一些特征。
出现下列特征之一的，即可确定为合成水晶：
（1）一段时间不擦的玻璃桌面上会落一层灰，这个现象大家想必都见过吧。如果在水晶内部看到类似“桌面灰尘”状的现象，就是说晶体里有很多非常细小的灰色或白色小点点沿一个平面或几个平行的平面分布，而晶体的其余部分又非常干净。那基本上这就是合成水晶了。
（2）合成水晶中有时会有一些非常细的空管状包裹体，这些空管也是基本平行的，有时会通到表面，也可能是一头大一头小，像钉子一样的。这也只有合成水晶才有，可能是合成时的一些熔剂残余。
（3）天然的水晶基本上没有绿色的，或者说极为罕见。像绿幽灵、绿发晶等品种，里面的包裹体是绿的，但水晶本身还是无色透明的。所以市场上出现的大量绿色透明的水晶，颜色基本都是处理的，而且多数本身是合成水晶。
玻璃
很便宜的仿品，可以有各种颜色，有时还能做成半透明的，相对好鉴别一些。出现下列特征的可看作玻璃：
（1）很多书上教人用看头发重影的方法区分水晶球和玻璃球，就是把一根头发放在下面，透过球看头发，如果头发变成两根了就是水晶（天然或合成），还是一根的就是玻璃。但这个方法用起来有些限制：球不能太小，如果是手串上的圆珠就不好用了。而且在看时要注意转动水晶球观察，不是所有方向都会出重影的。本人对水晶球不太感冒，所以不怎么会看，不过在这里提醒一下想买水晶球的朋友：那些个头不小，内部非常干净，价格还不太贵的“水晶球”一定要注意，很可能是合成水晶或玻璃，购买时一定要索要国家认可的专业机构出具的鉴定证书。
（2）只有玻璃里才会出现气泡，可大可小，但天然的玉髓里有时也有圆球状的包体，本人就见过一些，不注意很容易认为是气泡。区别是气泡表面很亮有反光，而包体的表面光泽就暗多了。这需要经验，要多看就能掌握。
（3）玻璃制品一般是浇铸或吹制成型的，而水晶是经磨制后抛光成型的。所以，像水晶圆珠有时不够圆，有些地方还有些剩余平面或缺口；而刻面水晶的刻面大小可能不一致，这些“瑕疵”其实也是水晶的标签，因为玻璃只可能出现铸造时的压痕（就像在很多塑料制品上出现的）或吹制时的螺旋纹。
（4）施华洛氏奇“水晶”。施华洛氏奇的制品被称为“水晶”，但实际上是一种加入了大量铅的玻璃制品。因为铅会提高玻璃的折射率，使其看起来光彩闪烁，火彩甚至接近钻石。但这也使它的硬度变得很低，即使很小心的保存，在表面也会出现划痕，而真正的水晶在正常佩戴陈设的过程中不会磨损。还很多所谓的施华洛氏奇饰品上的宝石是合成的立方氧化锆，俗称CZ，是一种仿钻，火彩也很强且硬度高于水晶，但这类饰品应该不是施华洛氏奇的产品，因为施华洛氏奇都是铅玻璃的。
