《封神记》故事内容共分为三部分。
1、第一部分：
一封来自天的神谕，由神族之信使玄差步行了三十多天到朝歌面见大商国之王——纣王。纣王断然的拒绝来自神族的命令，把神谕投入火炬里烧毁，公然发布反抗神族之宣言。
神族之主——“天”为此勃然大怒，带领神族的天间六部与周国军队来讨伐大商国。
2、第二部分：
《天国逆子篇》
以神族之主“天”唯一一个儿子十刑大神为主角。描述一个善良的神因为宅心仁厚和爱上一个人族女孩明月而被天处罚。
派斗部大神天魁屠杀他管理的城市与明月和让神族大祭师心月葵刻下“亡者之印”，导致心智失常、性情大变，从此变成一个残暴不仁的神。
后来与子羽生死一战之后，因为“亡者之印”的效果，十刑得以重生，双方达成协议，由不死鸟提供能力给十刑，换取杀死天之承诺。
《逆天而行篇》
十年前，圣贤殿大长老神眼为了灭绝冥族，处心积虑的发布一种名叫“石化病”的病毒潜入冥族之内。患上“石化病”的冥族，会慢慢的变成石头而死亡。
冥族少年——阿满（后来的冥族大元帅逆天而行）为了救他患上“石化病”的大嫂，瞒着哥哥海阔天空偷偷的潜入神族的地方偷一种“黎明之花”以治疗“石化病”。
后来，大长老神眼突然出现要杀害阿满，海阔天空及时赶到救人。
《人间凶狗篇》
由冥族、人族与新神隐部组成的联合军挑战神族为主线故事。以主角阿狗面对有史以来最强大的对手，神族之主“天”。
在神族与联合军大战一触即发的同时，圣贤殿大长老神眼在天的背后默默的计划发动一场政变，企图夺位。
3、第三部分：
由冥族、人族与新神隐部组成的联合军挑战神族成功之后，神族新主神眼表面上顾全大局，给了冥族一块未开发的土地，让他们建国立邦。
阿狗命名为“冥族城邦”，之后就进入沉睡，灵魂离体去冥界学习“灵魂力量”。经过五年的沉睡之后，阿狗在一番斗智斗力的生死决战后成功争夺冥族城主之位，却又要带领一众冥族大将在新丰都城对抗强顽的幻岛六尊者。
