土壤的生态条件：营养、pH、渗透压、氧气和水、温度、保护层 ，土壤具备了微生物所需要的营养和各种环境条件，是微生物良好的天然培养基，是微生物的大本营。
1）土壤中微生物的水平分布取决于碳源
2）土壤微生物的垂直分布主要受到紫外辐射的照射、营养、水、氧气、温度、pH等因子的影响（表面的土壤由于紫外辐射的照射和缺水的环境微生物不易繁殖及存活，所以数量相对比较少），并随土壤类型的不同而有很大变化（果园、养蜂场、葡萄园等酵母菌的数量比较多；节杆菌属和诺卡氏菌属不受土壤中动植物残体数量影响，想定稳定存在于土壤中）。
3）土壤微生物的数量和分布受季节影响；
4）微生物的数量也与于土层的深度有关，一般土壤表层微生物最多,随着土层的加深，微生物的数量逐步减少（5-20cm处微生物数最多，植物根系附近微生物数量更多，在耕作层20cm以下，微生物数随土层深度增加而减少，距表面1m深处每克土含微生物36000个，离表面2m深处每克土中微生物只有几个，由于缺氧和营养所致）
