除半知菌外，子囊菌有1950属，约15,000种。
菌物学家对子囊菌的分类意见尚未统一，争论的焦点是对子囊菌形态特征和发育过程在高阶分类单元中的重要性。按照Ainsworth（1973）的分类系统，子囊菌亚门分为6个纲，分纲的主要依据是有性阶段的特征，即是否形成子囊果及子实层、子囊果的类型和子囊的特征等。
但是，《菌物字典》第七版（1983）将子囊菌直接分为37目，1995年的第八版中，分为46目，取消了纲一级分类单元，2001年的第九版中子囊菌又恢复设纲，分为8个纲，56个目。这8个纲中只有外囊菌纲和子囊菌纲与植物病害关系密切。为了便于初学者掌握，本书仍按Ainsworth（1973）分类系统，将子囊菌分为6个纲。各纲及其主要特征如下：
半子囊菌纲（Hemiascomycetes）：无子囊果，子囊裸生。
不整囊菌纲（Plectomycetes）：子囊果是闭囊壳，子囊无规律地散生在闭囊壳内，子囊为原始壁，子囊孢子成熟后子囊壁消解。
核菌纲（Pyrenomycetes）：子囊果为子囊壳或闭囊壳，子囊是单层壁的，有规律地排列在子囊果内形成子实层。
腔菌纲（Loculoascomycetes）：子囊果是子囊座，子囊是双层壁的。
盘菌纲（Discomycetes）：子囊果为子囊盘，子囊是单层壁的。
虫囊菌纲（Laboulbeniomycetes）：子囊果是子囊壳，营养体简单，大多无菌丝体，不产生无性孢子，均为节肢动物的寄生菌。
