稷下学院有史以来最伟大的天才，世间公认夫子的继承者。无论魔道机关，智谋兵法，样样都是第一。连后来的铁血都督周瑜，也不得不咬牙接受每次考试屈居次席的事实。背负千年老二的黑历史，对高傲如他而言，名为诸葛亮的青年简直如同噩梦的存在。至于天才本人，则完全无视羡慕嫉妒恨的眼光，投身于传说中天书残篇的研究。
星航指挥官—诸葛亮
超智慧体留下了可怕的遗产，扭曲知识本来面目所诞生的阴暗无处不在，动摇着历史的进程。诸葛亮那无比聪颖的头脑思索着，试图抓住冥冥中的关键，去寻找那个或许所有人尚未知晓的，足以颠覆人间界的真相，以及可能的对策。
来自遥远扶桑的讯息发出警告：可怕的魔物被驱逐，而留下的伤痕或许今后数十年都无法消除。这难免让人想起多年以前秦王宫阴暗的秘密。
另一件事也震动了他的心灵。有名的考古学者蔡邕，他所尊敬的长辈和友人，他们曾多次交流有关西域的发现，却传来噩耗：全家遭遇谋害。人们咒骂蔡邕收养的野兽恩将仇报，只有诸葛亮注意到好友珍贵的研究心血无声无息消失。
蔡邕最后的书信里透露了什么……黑衣人，拼命于荒漠中搜寻着“奇迹”……啊，还有边陲的废墟，以及交由玄德抚养的孩子……
