关於美洲原住民的起源，现时有三种说法：
其一，有研究者认为，美洲原住民的祖先可能是是在大约2万年前从亚洲渡过白令海峡到达美洲的，或者是通过冰封的海峡陆桥过去的。
其二，有近年研究显示，南美洲和中美洲有不少年代久远的骸骨被发现，这些骸骨的年代比北美洲所发现过最古老的骸骨更长久，而且体格与东南亚的爪哇人种更相似，所以有人认为最早的原住民可能是透过海路，自东南亚通过南太平洋不同的海路到达中、南美洲，然后再散布到全境。
其三，也是现在逐渐风行的说法，综合了以上两种说法，认为北美洲以及部分中、南美洲的原住民是通过白令海峡陆桥迁居到美洲的北亚居民后裔，而其他的中、南美洲的原住民则有可能是自太平洋诸岛迁居而来的马来人后裔。而一些基因研究证实了上述的猜测[1]，并且发现从西伯利亚到玻利维亚，再到美洲原住民拥有相同的独特的遗传性变型。并且他们通过海岸线扩展至全境。
美洲原住民人经过两万多年的分化和发展，产生了许多不同的民族和语言，其中尤以分布广泛的印第安人最为明显，并产生过玛雅文明、阿兹特克文明等著名的美洲文明。然而，后来由于西方殖民者对美洲原住民及其文化的迫害和毁灭，有大量的美洲原住民死於天花[2]，致使现在残存的古代文明材料已经不多。不过，目前有关美洲原住民的研究越来越引起考古界的关注，而且在许多美洲国家美洲原住民的地位也有了显著的提高。
