刺客信条讲的是Desmond一觉醒来发现被人绑架到了一个秘密基地做实验。
这伙人是一个叫Abstergo Industry的公司的人，而这个公司就是一直与刺客组织Assassin对立了几千年的圣殿骑士团的现代版本，他们为了通过提取Desmond的关于祖先Altair的记忆来找到先行者Those who came before，也就是所谓的造物主（嗯，西方宗教的观念嘛）的神器来统治人类的精神（在2中会有对这些神器的进一步解释）。在十字军东征时期的Altair是一个刺客大师，一开始桀骜不驯，冷漠自大，让组织陷入险境，受到师父惩罚从学徒做起去杀九个圣殿骑士，后来在任务中逐渐改变自己的态度，并发现了邪恶的师傅的阴谋（他们十个圣殿骑士共同发现了一个神器“禁果”，师父想独吞），最终杀死了师父。
