1、性质不同：拉尼娜现象就是太平洋中东部海水异常变冷的情况。厄尔尼诺是暖流，是太平洋一种反常的自然现象。
2、形成原因不同：
拉尼娜东南信风将表面被太阳晒热的海水吹向太平洋西部，致使西部比东部海平面增高将近60厘米，西部海水温度增高，气压下降，潮湿空气积累形成台风和热带风暴，东部底层海水上翻，致使东太平洋海水变冷。
厄尔尼诺在南美洲西海岸、南太平洋东部，自南向北流动着一股著名的秘鲁寒流，每年的11月至次年的3月正是南半球的夏季，南半球海域水温普遍升高，向西流动的赤道暖流得到加强。
3、对气候的影响不同：
拉尼娜对气候的影响，北方强寒潮大风频繁出现，而降雨量却持续偏少，气温也居高不下。
厄尔尼诺对气候的影响，以环赤道太平洋地区最为显著。在厄尔尼诺年，印度尼西亚、澳大利亚、南亚次大陆和巴西东北部均出现干旱，而从赤道中太平洋到南美西岸则多雨。厄尔尼诺现象可以产生毁灭性的影响，可能在拉丁美洲引发洪水、导致澳大利亚出现干旱和印度的农作物歉收。
