和通泊之战的惨败，导致清政府蒙受了巨大的损失，但清、准战争在雍正年间还未正式结束，此后，清政府又继续增援西北两路军队，再与准噶尔作战，雍正十年开始第二次大规模战役，准噶尔受挫，此时双方都看到了取胜的艰难，无力再战，心生议和之意。
从清政府的角度看，此时清政府想要消灭准噶尔地方政权是有难度的，最主要的问题是财政入不敷出，为了这次清、准之战，清政府耗费军费七千余万两，远远超出了预计，却没有真正平定准噶尔。准噶尔方面也有同样的顾虑，噶尔丹策零没有信心彻底打败清军，也决定议和。
此后清政府陆陆续续从西北两路撤军。由于战败，清廷处理了一批将领，北路大将军傅尔丹降级为振武将军，抚远大将军马尔赛斩首，西路大将岳钟琪革职。
