相同点：辣椒茎基腐病和辣椒立枯病都会在茎基部产生褐色的病斑，病斑都会环绕茎部扩展，且患病部位都会溢缩，辣椒患了这两种病害都不呈猝倒状。还有一个共同点就是这两种病菌对温度的适应范围都比较宽，在13～42℃的温度范围内病菌都会繁殖，最适宜的发病温度都在25℃左右。
不同点：这两种病害的区别主要表现在四个方面：一是两种病害的发病期不一样，辣椒立枯病多在苗期发病，而辣椒茎基腐病多在开花结果期发病；二是主要危害部位不同，辣椒立枯病主要为害根颈部，然后病症逐步扩展到茎基部，而辣椒茎基腐病主要危害茎基部；三是辣椒立枯病在发病初期幼苗白天萎蔫，夜间恢复，反复几天后植株会枯萎死亡。而辣椒茎基腐病会使辣椒的上部叶片逐步变黄，植株会逐渐萎蔫枯死；四是在湿度大的情况下，辣椒立枯病在病部会产生褐色的蛛网状菌丝，而辣椒茎基腐病不会产生明显的菌丝。
