《三国志》记载郭嘉是在讨伐袁绍的路途中病死的，具体什么疾病未见史料记载。他死的那年是建安12年。虽然历史上记载郭嘉是死于水土不服，但是有学者认为在郭嘉死亡的背后有其它真相。
曹操是一个攻与权谋斗争的人，而且他对于身边的有功之臣，往往是毫不留情的。历史上记载曹操曾设计杀害了谋士许悠，对于这件事虽然曹操计划的很周密，但仍然没有逃过聪明的郭嘉的眼睛，郭嘉知道这件事之后感到唇亡齿寒，曹操察觉到了郭嘉对自己有异心后便认定他不能再用郭嘉这个人，所以有学者认为曹操是在郭嘉前去讨伐袁绍的途中设计杀害了郭嘉。
但是大多数学者认为郭嘉是在跟随曹操北征乌桓的战争中病倒的，因为当时的乌桓气候恶劣，所以身体一直不好的郭嘉可以说是致命的打击。再加上郭嘉劳累过度，于是就在军营中病倒了，不久就去世了。郭嘉去世以后，曹操悲痛异常，于是就将郭嘉的灵柩运回当时的许都埋葬，也就是现在的许昌市襄城县。
