1、性质不同
拉尼娜现象就是太平洋中东部海水异常变冷的情况。厄尔尼诺是暖流，是太平洋一种反常的自然现象。
2、形成原因不同
拉尼娜东南信风将表面被太阳晒热的海水吹向太平洋西部，致使西部比东部海平面增高将近60厘米，西部海水温度增高，气压下降，潮湿空气积累形成台风和热带风暴，东部底层海水上翻，致使东太平洋海水变冷。
厄尔尼诺在南美洲西海岸、南太平洋东部，自南向北流动着一股著名的秘鲁寒流，每年的11月至次年的3月正是南半球的夏季，南半球海域水温普遍升高，向西流动的赤道暖流得到加强。
3、对气候的影响不同
拉尼娜对气候的影响，北方强寒潮大风频繁出现，而降雨量却持续偏少，气温也居高不下。
厄尔尼诺对气候的影响，以环赤道太平洋地区最为显著。在厄尔尼诺年，印度尼西亚、澳大利亚、南亚次大陆和巴西东北部均出现干旱，而从赤道中太平洋到南美西岸则多雨。厄尔尼诺现象可以产生毁灭性的影响，可能在拉丁美洲引发洪水、导致澳大利亚出现干旱和印度的农作物歉收。
4、出现时间不同
厄尔尼诺周期：厄尔尼诺是一种周期性的自然现象，大约每隔7年出现一次。科学家通过对全球气候的研究，认为厄尔尼诺不是一个孤立的自然现象，它是全球性气候异常的一个方面。
在正常年份，秘鲁西海岸的太平洋沿岸地区都受一股冷洋流控制，有一个范围很大的天然渔场。一旦出现气候异常，东太平洋的冷洋流即被一股暖洋流所代替。
拉尼娜周期：出现厄尔尼诺现象的第二年，通常会出现拉尼娜现象，有时拉尼娜现象会持续两三年。
