结局:当与莉莉丝结合后的巨型凌波丽出现后,立即打破了9台量产型EVA的反生物立场,并与真治的内心接触,恐惧且无助(曾向明日香求助却遭拒绝,并对明日香做了些不雅的事)的真治回到了童年的记忆-------孤单,没人了解(没有被父亲认可,出生就连母亲都没见过)。童年的悲惨,扭曲的情感使真治想报复每一个人。绫波问真治一个愿望(同时用肉体安抚了真治),真治(人类是毁灭还是进步此时命运就掌握在真治的手上):“都去死吧”。
地球上的人们的躯壳融化了变成黄色的水,灵魂却融合在一起,抛弃了躯壳的人类以更高级的形式存在。绫波牺牲自己,用血与肉体汇聚了一个红色的小星球(作用应该是诺亚方舟吧),人类并未灭亡--------明日香与真治活在这孤单的星球上。