自卫队攻打本部,葛城中弹死了.赤木博士被司令杀了.
凌波丽与莉莉丝融合,变得超大.与真治谈了一会,消失了.
人类补完计划完成,所有人失去了肉体.
最后剩下的只有两个人，一个是真治，他拒绝了与别人的补完，选择宁可心灵上有缺陷，有孤独和痛苦，却仍然保持独立个体。另一个是明日香，她在2号机里感受到了母亲的灵魂，懂得a.t.field的意义，也保住了自己灵魂的独立。（两个被母亲保护的小孩啊～～）
两个人离开eva回到现实世界时，其他人都已经被补完（失去肉体，灵魂结合在一起，也就是死了嘛～～）。其实这与真治本来的想法是不符合的，他所希望的是回到原来生活的环境，有朋友、有同学，还有一个不怎么爱他，但是他仍然很看重的老爸，一个他不怎么喜欢，但是可以慢慢习惯和改变的世界。现在的世界却一无所有，只有那个一直骂他“baga”的明日香，所以他感到很绝望。
明日香在重新找回自我之后，已经能肯定自己的存在，她不再需要依靠别人的肯定来补完自己，所以她变得冷漠，对真治只剩下可怜。
真治比以前更讨厌这个世界，也讨厌代表了未来的明日香（因为她可以毫不在乎的活下去），真治掐住明日香的脖子表达的正是他对外界和他人的仇恨。这是真治一直以来的想法，“others are hell”，他觉得别人不喜欢他，所以他也讨厌其他人。他好像到最后都没有改变。真治已经有一次觉得无法忍受明日香对他的批评，说出了他的内心感受，因此想杀死她，现在面对更无情的明日香，又想杀她也很正常。
