惠州平潭机场就1座航站楼。顶部是代表惠州市花三角梅的“三角薄壳”结构，墙面则是各种角度拼接起来的白色三角模块。航站楼一层被分隔成出发大厅和候机室；出发大厅分为三个区，中间是国内出港大厅、右侧为国内到港大厅、左侧单独入口是头等舱候机室。候机室旁边横竖分排设有174个座位，座位两旁有两个登机口；玻璃门外即为停机坪，共有4个停机位一字摆开。
2017年8月30日，惠州平潭机场视频监控系统具备高清数字化、技术国产化、覆盖全面化以及应用智能化和云存储系统（存储期90天）特点；增加人脸识别功能，可实现机场安检部门与公安系统的联动；增加机坪监控功能，实现机坪全景可视、细节调取和区域告警等。
2018年11月17日，惠州平潭机场新航空货运站启用，总面积1800平方米、设计年货物吞吐量2万吨。
